審計意見表示與社會公眾理解的差距
注冊會計師根據獨立審計準則進行了審計，出具了恰當的審計報告，但如有標準無保留意見的審計報告以外類型的審計報告，財務報告的使用者往往認為審計報告是錯誤的。如因審計范圍受到嚴重限制而出具的拒絕表示意見的審計報告，社會公眾往往會這樣認為：審計范圍為什么會受到限制?企業管理層都能對審計的項目進行控制，而注冊會計師在獲取足夠的證據時遭遇到了困難，肯定是企業管理層有意隱瞞某些事實，或者故意設置某些障礙阻擾注冊會計師獲取足夠的審計證據，既然企業管理層存在問題，就應出具否定意見的審計報告。更值得注意的是，在遇到公司的經營失敗或重大違法行為時，注冊會計師即使出具了恰當的審計報告，社會各界往往仍認為注冊會計師未勤勉盡職，是因注冊會計師的“審計失敗”而導致他們利益受損，要追究注冊會計師的有關責任。
內部控制制度審計下管理層舞弊的困境
現階段審計執業界實行的是從審查企業內部控制制度著手的制度基礎審計方法。根據獨立審計準則，內部控制制度的建立、健全與執行有效性，是被審計單位的會計責任，企業管理層亦有責任建立良好的內部控制制度。制度基礎審計的重點是對制度的各個控制環節審查，以發現控制制度中的薄弱環節并找出其根源，然后針對這些環節擴大檢查范圍。企業管理層是內部控制制度的設計者和執行者，那么在管理層有意制造某些內控制度的假象時，良好的內部控制假象將使注冊會計師收集較少的審計證據，因此很難發現管理層舞弊。根據獨立審計準則，注冊會計師有責任發現和披露被審計單位的管理層的重大舞弊，若沒有發現和披露管理層的重大舞弊，是注冊會計師的過錯，應承擔過失責任。此外，在實際的工作中，對在審計中發現的管理層舞弊，注冊會計師往往不是選擇披露，而是提醒企業有關高層改正。而且，審計工作中實際發現的管理層重大舞弊與實際發生的管理層重大舞弊之間往往存在很大差距。所以，在公司管理層，特別是其與公司外各利益群體串通舞弊時，注冊會計師往往力不從心。
公司治理結構中角色重合的困境
所有權與經營權的分離是現代公司治理的一大特征。企業的所有權屬于股東，經營權則授權給管理層。在審計業務的委托代理關系中，股東委托審計機構鑒證公司管理層經營業績，即股東是“委托人”，審計機構是“代理人”。管理層與審計機構是相互獨立的，不存在任何契約、利益關系，由“代理人”監督代理人的過程可以保證其公正性。但我國現階段很多公司的高管本身就是董事會成員，既對公司實施具體的經營管理，又名義上代表股東，主宰著公司重大決策。就使得公司高層為謀取自己的利益而損害廣大投資者利益提供了空間，內部人控制現象十分嚴重。董事會成員與企業高管二合一，使受托進行審計的審計機構處于十分尷尬的位置，即“委托人”(董事會)委托審計機構對“委托人”(是董事會重要成員的高層管理人員)進行鑒證。審計機構在審計過程中很可能迫于“委托人”的壓力而作出妥協，出具欠適當的審計報告，造成了審計失敗。
抽樣審計下的5%困境
最初的審計是以詳細審計開始的，隨著社會的發展和審計目標的改變，科學的抽樣審計方法得到了廣泛應用。抽樣是統計學中的重要概念，與統計學界的一個重要魔數--5%有著千絲萬縷的聯系。根據雙尾假設測試(TWO-TAILED HYPOTHESIS TEST)的統計所得出的結果，總體中有95%的值落在偏離中值為±1.96的標準差之間。許多注冊會計師把可容忍的審計風險確認為5%，這是否意味著注冊會計師愿意接受簽發的100份審計報告中有5份以內的錯誤報告?假如某具有證券業資格的會計師事務所有20家證券業客戶，他們的可容忍審計風險是5%，那么，從總體上來說，該所每年出具的20份審計報告中就有1份可能是錯誤的審計報告。在我國現階段，一次審計失敗就會對一個會計師事務所造成毀滅性的打擊。如在“瓊民源事件”中為“瓊民源”出具審計報告的是原中華會計師事務所，在1998年5月1日證監查字［1998］36號中對中華會計師事務所的處罰是自1998年5月1日開始至1998年11月1日結束“暫停證券業務資格6個月”，并未錯過年報預審。但在1998年度，中華所13家客戶中就有10家客戶更換到其他會計師事務所，對其所的影響可想而知。
獨立性的追求與天生的非獨立性的矛盾
獨立是注冊會計師的靈魂，注冊會計師唯有保持獨立性，才有可能更加客觀、公正。但我國的注冊會計師行業天生就是非獨立的。二十世紀80年代恢復注冊會計師制度后，大部分會計師事務所由政府部門創辦并接受政府部門的管理。各掛靠單位如財政部門、稅務部門、行業主管部門等通常會利用手中的權力指定企業到所屬的會計師事務所接受審計，同時，注冊會計師在作出審計判斷、出具審計報告時，也會受到主管部門意愿的左右，審計的獨立性受到破壞。
法律法規的尷尬
獨立審計準則的法律地位極為尷尬。注冊會計師的執業準則是由中注協負責擬訂，報財政部批準后實施，中注協負責對獨立審計準則進行解釋，那么獨立審計準則是法規還是規章?有人認為《獨立審計準則》是民間制定的文本，在法律上沒有引為標準的效力。另外，1998年1月，財政部頒布的《違反注冊會計師法處罰暫行辦法》規定：注冊會計師和會計師事務所在執業中違反注冊會計師行業管理的法律、法規和規章應予行政處罰的，適用本辦法。行業協會制定的行業管理方面的文件，是否能歸結于法律、法規和規章?同時，我國企業會計由財政部管理，會計師事務所由中注協管理，上市公司則由證監會監管。財政部頒布會計準則，中注協擬訂注冊會計師執業準則，證監會制定上市公司信息披露的有關規則，有時并不十分和諧統一，這也給注冊會計師執業帶來了一定困難。
知識的頻繁更新與會計師事務所的人員結構的兩極分化
目前，我國的會計師事務所一般都實行三級復核。嚴格的三級復核將有效地減少審計失敗的概率。一般而言，第三級復核者是會計師事務所的高層主管，一般由會計師事務所的主任會計師承擔。在審計工作底稿的重大問題的把握上，第三級復核者起著關鍵的作用。因此，嚴格的三級復核要求會計師事務所的高層主管有豐富全面的知識和良好的經驗判斷能力。我國早期的注冊會計師是通過考核取得的資格，年齡普遍偏大。現在占據會計師事務所高層主管的大多也是早期考核制下獲得注冊會計師資格的人員。但我國近年來證券市場得到了迅猛發展，各種法規制度不斷頒布和修改，知識更新非常頻繁。年齡老化的會計師事務所高管是否能跟上知識更新的步伐?而考試制度下獲得注冊會計師資格的專業人員，大多年輕，學習能力強，但經驗不足，資歷太淺，又恐難當重任。許多會計師事務所的第三級復核形同虛設，完全是走走形式而已，并不能發揮真正的作用，與此不無關系。
信息的不對稱與要求關注表外信息的矛盾
根據《獨立審計準則第8號——違反法規行為》等，注冊會計師應充分關注對會計報表有重大影響的表外信息。但在實踐中，公司提供給注冊會計師的主要是與會計報表有關的賬簿、記賬憑證、法規依據與合同等，表外的一些信息很難收集到。注冊會計師懷疑企業某一方面而試圖從企業內部獲得某方面的表外信息證據時，也往往會被企業以商業秘密之類的借口回絕。對企業的經營狀況，企業管理層處于完全知情的一方，而注冊會計師不但不知情，也沒有完備、可靠的手段獲得有關情況，因此，企業管理層很容易隱瞞企業表外的諸多事實。
經營失敗與審計失敗的矛盾
企業因經營不善或外部條件的變化而破產，導致了經營失敗。在經營失敗的民事賠償中，利益受損方并不僅僅關注企業的破產財產，常常要求與破產企業有關的其他有償還能力的單位進行民事賠償，受損方只希望得到補償，而不管錯在哪一方，以致注冊會計師往往是索賠的對象之一。在美國的訴訟案例中，企業經營失敗而導致注冊會計師涉入民事賠償的案件屢見不鮮。注冊會計師也常常以非審計失敗下的經營失敗為由進行抗辯，但屢屢敗訴。這樣，注冊會計師很有可能因經營失敗而涉及民事賠償，而不管是否存在審計失敗。
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